авансовая счет-фактура на переплату

[JonnyTC]

Три года назад покупатель внес частичную предоплату по договору. Моя компания отгрузилась на сумму более той, что была получена в качестве предоплаты. При осуществлении доплаты по договору контрагент перевел денежные средства в большем объеме, чем требовалось по договору. В результате возникла переплата. Нужно ли было выставить СФ на аванс на сумму переплаты? Если это не было сделано, как исправить эту ошибку?
Долг погашен в декабре 2018 года. НДС 10%.