Переход на УСН. Ошибочно заплатили НДС(НА) после перехода.

[Галинна]

Здравствуйте! До перехода (01.01.2015) на УСН, поступили авансы от покупателей (с/ф на аванс выписали).
Бухгалтер во 2 квартале 2015 выставил с/ф на всю сумму реализации и заплатил в бюджет НДС с оставшейся, поступившей от покупателя, суммы. Но!
В декларации по НДС за 2 квартал 2015 бухгалтер заполнил отдел, как налоговый агент (НА), и платежку на уплату налога так же оформил (как НА).
Сейчас (4 кв. 2016) пришло письмо от налоговой с требованием дать пояснения, как НА, или подать корректировку.
Что делать? Если подать корректировку с заполненным 3-м разделом, как налогоплательщик (НП), то мы - не налогоплательщик (УСН, же). И если даже и подать, НДС-то на другой КБК(НА) уплачен. Писать письмо, чтобы в ИФНС учли уплаченный во 2 квартале 2015 НДС как (НП) вместо (НА) одновременно с корректировкой?
Подскажите, пожалуйста, как поступить в нашем случае, чтобы избежать штрафов, пени и дальнейших вопросов от ИФНС.