больничный лист с опозданием

[YuliaRu]

Добрый день!
Подскажите, как правильно поступить. Работник принес больничный(с продлением) с 26.05 по 23.06. На производстве, где он работает, начальник отмечал в табеле за май и июнь явку. Хотел сделать работнику как лучше(поскольку тот на работу приходил и просто просиживал свое время, вместо работы...), а получилась головная боль для бухгалтера. Т.К. и за май, и аванс за июнь ему выплатили з/п. Соответственно и налоги за май я считала с з/п. Что теперь сделать, посчитать больничные по БЛ и пересчитать з/п? А как быть с уплаченными налогами? Как я понимаю ФСС мне такой больничный уже не возместит?