УПД и НДС

[Fruktik]

Добрый день! Ситуация такая: мы получили УПД от 30.01.2016г. на сумму 100 тыс. руб., при приемке товара выяснилось, что бой составляет 2 тыс. руб. Был подписан акт с представителем поставщика.
Поставщик согласен с актом, но присылает следующее письмо:
"Если при приемке товаров организация выявляет расхождения по количеству или качеству товаров, УПД поставщиком не заменяется и корректировочный УПД так же не выписывается, т.к. на момент отгрузки он был оформлен правильно. В этом случае покупателем (грузополучателем) делаются отметки о расхождениях в «Акте приемки товара».
Поскольку расхождение по количеству товаров в сторону уменьшения установлено покупателем до принятия товаров на учет, применение покупателем вычета НДС по таким товарам следует осуществлять в порядке, установленном п. 1 ст. 172 Кодекса, на основании счета-фактуры (или УПД), выставленного продавцом товаров при отгрузке, но только в части товаров, фактически принятых на учет."
Сталкиваюсь с такой ситуацией впервые. Я должна в книге покупок отразить все-таки УПД за минусом 2 тыс. руб. (то есть отразить 98 тыс. руб.)? У себя продавец (судя по акту сверок) отразил УПД на сумму 100 тыс. руб. и дальше строчка - бой на сумму 2 тыс. руб.