Разница в покупках и продажах

[АлександрНН85]

Ох, исповедь прям сейчас будет.
В общем: есть две организации, одна на ОСНО, вторая на УСН. Работают совместно.
Организация на УСН продавала товар 1, а организация на ОСНО его покупала. И наоборот. В итоге в запасах полный ад. Компания на ОСНО напродавала так, что у нее возникли минусовые запасы (то есть продала то, что не купила), и плюсовые запасы (покупала то, что продала компания на УСН).
Я не знаю, как была сдана налоговая отчетность, но там полный ужоооос.
Естественно, налоговая потребовала объяснений. Я ее прекрасно понимаю.
Теперь вопрос: что со всем этим делать? Я понимаю, что можно заявить: "закрываться". Но хотелось бы получить дельные советы.
Интересует именно действия компании на ОСНО.