НДС и пени

[Fruktik]

Добрый день! Наша организация подала уточненку за 1 квартал 2016г. До этого уплатили налог и пени (исходя из своих расчетов). Через несколько дней запросила сверку расчетов и выяснила, что налоговая числит недоплату по пеням 100 руб. Чтобы не тратить время на сверку расчета пеней, мы эту сумму уплатили.
Сейчас налоговая высылает уведомление о вручении акта на штраф по недоплатам. Никто вразумительного ответа в налоговой дать не может, то один телефон дают, то один инспектор в отпуске, то трубку другой не берет.
Может кто подскажет. Штраф нам дадут из расчета 100 руб. или всего налога и пени (которые мы уплатили до подачи уточненки)?
Если у нас была переплата по самому НДС на момент подачи уточненки, все равно дадут штраф?