Контрагент имеет признаки недобросовестности и пересчет НДС

[Чумработница]

Добрый день, уважаемые коллеги, дело очень неприятное.
Ситуация такова, вызвали в налоговую на комиссию, где «информировали», что один из наших поставщиков имеет признаки недобросовестного налогоплательщика и фирмы однодневки. Работаем с ними с 2015 года, первичка вся правильная – договора, акты выполненных работ, счета-фактуры. При заключении договора контрагент был «осмотрительно проверен» в соответствии с указаниями и рекомендациями. На официальном ресурсе от налоговой написано, что с фирмой и сейчас все в порядке.

Тем не менее, за 2-й квартал 2017 года нас просят сдать уточненную декларацию по НДС и доплатить порядка 500 тыс.руб. , мол де наши контрагенты подали нулевую декларацию по НДС, поэтому мы не можем включать их счета-фактуры в свою декларацию.

В связи с этим вопрос, в каком порядке налогоплательщик признается недобросовестным? Выносится судебное решение или как-то иначе? На основании чего мы должны делать перерасчет у себя?
Если контрагент нарушил закон, и это будет официально доказано, конечно придется доплачивать, но не на основании же того, что мне в компьютере налоговой показали так называемый «светофор»? Я сама таких светофоров нарисую сто штук.
На руки выдали протокол, не на бланке налоговой, без какой-либо печати.
Может у кого был подобный опыт? Поделитесь соображениями.
Спасибо.