Условия работы с НДС

[Лиляяя]

Подскажите пожалуйста. директор задумал возмещать НДС,
У нас режим ЕНВД + УСН, мы транспортная организация, занимаемся грузоперевозками.
скажите пожалуйста на каком режиме можно работать с НДС,какие условия работы с ним, какие документы надо будет в налоговую подавать чтобы начать работать с НДС.

Если мы будем его возмещать, то теперь в счет фактуре я также должна за перевозку выделять НДС и платить его в бюджет? или если наш заказчик не возмещает НДС, то тогда я могу его не указывать и не платить в бюджет?
Помогите пожалуйста.