НДС в рамках 159-ФЗ

[IrinVB]

В июле 2010г. между организацией А (ОСНО) в рамках 159-ФЗ и Департаментом недвижимости был заключен договор купли-продажи недвижимости с рассрочкой оплаты на 5 лет. В соотв. с НК Покупатель уплачивает НДС. Начисление НДС производилось (НА) на суммы, уплаченные Департаменту в каждый отчетный период (квартал). На все наши запросы в ФНС нам отвечали, т.к. договор был заключен до 1 апреля 2011г., то действие ФЗ от 28 декабря 2010 г. № 395-ФЗ «О внесении изменений в часть 2 НК» в нашем случае не распространяется.
В декабре 2011г. между организацией А и организацией В (УСН) заключается договор купли-продажи недвижимости (абсолютно на тех же условиях, что и договор от июля 2010г.), а также соглашение о переводе долга департаменту. В договоре мы указали покупную цену объекта, но расписали, что часть (ранее уплаченная департаменту орг. А) составляет 000 + НДС, а оставшаяся часть 0000 без НДС уплачивается Департаменту с рассрочкой 5 лет. Департамент договор подписал, т.к. НДС их совершенно не касается, но что в таком случае грозит орг. А? Пока еще можно переделать договор, т.к. сделка планируется 10 января 2012 г.