Отчетность у ИП, находящегося на ЕНВД при работе с бюджетниками по договорам

[Лэрис]

Добрый день! Помогите, пожалуйста, разобраться в следующей ситуации. ИП находился на вмененке, при этом имел договора с бюджетными организациями. Налоговая указала на то, что работа с бюджетными организациями не подпадает под ЕНВД, и теперь нужно заплатить НДФЛ и НДС в той части, где реализация производилась бюджетникам. Когда ИП выписывал счет фактуры бюджетникам НДС был не предусмотрен, а когда приобретал товар у поставщика в накладной НДС был в том числе. Подскажите, пожалуйста, как рассчитать сейчас НДС и нужно ли его уплачивать в бюджет, и что вообще можете посоветовать в данной ситуации?