Необоснованная выплата з/п?

[Kukurukva]

Добрый вечер!

Заранее извиняюсь, если подобный вопрос уже задавался - не смогла найти. Ситуация такая:

Есть ООО с единственным учредителем. В ООО оформлен один сотрудник - генеральный директор (стороннее лицо). Деятельность в 2012 году фирмой не велась. По опыту общения с другой налоговой, возмутившейся невыплатой "наемному работнику" зарплаты при наличии "работы" с его стороны - регистрация фирмы и сдача отчетности, был издан указ об оплате труда по фактически отработанному времени. Поэтому за первый и второй квартал была начислена копеечная зарплата (табель учета рабочего времени есть) за поездки в ифнс, фонды и т.д. В дальнейшем было решено сдавать отчетность по почте и, чтобы не заниматься лишними делами, генерального просто отправили в отпуск за свой счет.
Возили годовую отчетность в 28 налоговую. Там ситуация произошла с точность до наоборот - они оказались не согласны с осуществлением выплат.
Вопрос: стоит ли рассказывать им сию душещипательную историю (они требуют объяснения почему зарплата все-таки начислялась) и чем данная ситуация может грозить?