Не могу понять

[Boris1C]

Тут дело видимо в том что КУДиР строится на регистрах накопления, а не регистре бухгалтерии. И просто сделать "Операцию" не достаточно. Нужно ещё сформировать движения по нескольким регистрам накопления.

Если вам нужно сформировать КУДиР то самый простой вариант это вручную сделать корректировку в регистре накопления "Книга учета доходов и расходов(раздел 1)".
Мы делали так. У нас похожая ситуация. Только у нас проблема из за того что зарплата ведётся во внешней программе и сводно по сотрудникам. А для того что бы расход попал в КУДиР нужно что бы была аналитика по сотрудникам. Наличие этой аналитики это обязательное условие принятия суммы к расходу.