Принята к вычету сумма НДС меньше, чем указано в счет-фактуре

[Entry]

Уточненную декларацию по НДС за 2кв 13г т.к техническая ошибка во 2м кв 13г подать сейчас.
Это в том случае, если вы хотите, чтобы не был потерян вычет и информация на 68сч НДС совпадала с данными по декларации НДС.
Если уточнять нет желания, то - да, в случае завышения налога, декларацию уточненную подать имеем право, но не обязаны.

Как правильно, коллега отмечает, записи надо поправить в любом случае на верную сумму. Технически или прямо в прошлом периоде и все перепровести или в периоде обнаружения ошибки. Это зависит от особенностей учета и процессов в вашей Компании.