НДС к возмещению

[vesta]

Сложилась следующая ситуация. В мае и июне арендовали помещение. Арендатор работал без НДС. В июле (уже после сдачи декларации) арендатор сообщил, что начал работать с НДС и соответственно передал нам счета-фактуры за май и за июнь. Сумма НДС – 3000 рублей. По итогам второго квартала уплатили 2000 рублей.
Как все оформить, чтобы не терять деньги? Уточненную декларацию я уже подала и, как понимаю, следующий шаг – заявление в налоговую.
На возмещений какой суммы (три или две тысячи) можно рассчитывать?
Как эти изменения отразить в учете и в каком периоде?
Ситуация осложняется тем, что в мае оплата аренда проведена взаимозачетом.