НДС при взаимозачете

[КсюнчикЛ]

Доброго дня!
Наша организация выполняет монтажные работы. С одним заказчиком заключено два договора №1 и №2.
По договору №1 заказчик 09.09.15 оплатил выполненные работы по акту№1 и перечислил предоплату (все это одним платежом). Соответственно, на сумму предоплаты мы выставили счет-фактуру на аванс и начислили НДС к уплате.
15.09.15 по Договору №2 мы выставляем акт выполненных работ и у заказчика перед нами образуется задолженность.
Хотим произвести взаимозачет и зачесть предоплату по Договору №1 в счет выполненных работ по Договору №2.
Как быть с НДС, счет-фактура на аванс выставлена 09.09.15?
Или же можно вообще обойтись без взаимозачета, попросить от Заказчика письмо об уточнении платежа от 09.09.15..."Просим основание п/п№ читать: оплата за выполненные работы 100 000 р. по Договору №1; предоплата по Договору №2 300 000р" Могут ли к нам в этом случае быть вопросы со стороны налоговиков?