Генподрядчик на УСН 15%, субподрядчик на ОСНО

[АннаС]

Схема такая:
1)Субподрядчик выставляет генподрядчику счет-фактуру + КС-2 и КС-3 с НДС, к примеру, работы на 100 руб. (без НДС) ф. КС-2, Кс-3 - 118 руб (с НДС)
Выставил нам с-ф на 118 руб..
2)Наше вознаграждение (услуги генподрядчика 4 %), подрядчик выставляет субподрядчику счет-фактуру на сумму за услуги генподряда + акт. Тут вопрос: мы выставляем субподрядчику на 4 руб (100*4%) или 118*4%
3)Генподрядчик выставляет заказчику счет-фактуру + КС-2 и КС-3 должен был выставить без НДС, но выставили с НДС.
НДС в бюджет не уплатили, а сейчас у заказчика идет налоговая проверка и как я понимаю им могут в вычете отказать.