Декларация НДС за 2 квартал

[skk-r]

Добрый день!
Подскажите, пожалуйста, как безболезненно устранить ошибки по декларации НДС. Требование из налоговой получили о предоставлении пояснений. Стала проверять отчёты за 1-2 квартал, нарисовалась следующая ситуация:
Март 2016 - поступили деньги от покупателя, есть запись и в книге покупок и в книге продаж за 1 квартал.
Апрель/май 2016 - отгрузка товара, есть запись в книге продаж за 2 квартал.
Обнаружилась ошибочно повторно запись в книге покупок, но сч/ф за другим номером.
Были сбои стыковки 1С и банк-клиета, Выписка вносилась вручную, получилось: поступление денег было и зафиксировано 1 раз, а авансовый сч/ф выписан дважды под разными номерами.
Что можно предпринять в данной ситуации?