Расчет пени за неуплату НДФЛ обособленного и головного предприятия

[АннаС]

Организация осуществляет два вида деятельности: ЕНВД (в обособленном подразделении) и УСН по месту регистрации налогоплательщика. Находятся они в разных областях России.
При перечислении НДФЛ допущена ошибка, перепутаны платежи, соответственно в подразделении произошла недоплата, а в головном офисе переплата. Камеральный отдел произвел проверку и выставил пеню за недоплату.
Вопрос : Правомерно ли произведен расчет пени отдельно по каждому подразделению? В письме ИФНС России от 02.08.2013г. № БС-4-11/14009 сказан0, что пени не могут быть рассчитаны в отношении только части суммы НДФЛ, который налоговый агент должен был перечислить по месту обособленного подразделения, а уплатил по месту основной регистрации.