НДС по подтверждению 0 ставки взят в зачет неправомерно

[Нач_бух]

Добрый вечер,

Во 2 квартале 2013 года произошла реорганизация путем присоединения. В 4 квартале 2012г и 1 квартале 2013 года реорганизуемая организация отгружала на экспорт товар. Подтверждала НДС по экспорту организация-правопреемник. Соответственно был взят НДС в зачет, который в свое время был отложен до подтверждения 0 ставки.

При проведении выездной налоговой проверки, сотрудники ИФНС выявили, что НДС был взят неправомерно, т.к. согласно п.5 ст 162 НК РФ, НДС в зачет имели право брать только по фактической оплате, которая была произведена в 4 квартале 2013 года.

По акту проведения выездной проверке, ИФНС сторнирует НДС и начисляет пени и штрафы. После того как мы произведем оплату, могу ли я сдать уточненную декларацию по НДС за 4 квартал 2013 года и взять отсторнируемый НДС в зачет? И соответственно вернуть переплату, т.к. НДС за 4 квартал 2013 года был перечислен равными долями в 1 квартале 2014 года. Срок для возврата истекает в 1 квартале 2017 года.

Необходма информация, т.к. после нового года ИФНС вручит акт и есть месяц для опровержения и решения