Счёт-фактура и накладная при оплате наличными.

[LexSedLex]

Добрый день, многоуважаемые форумчане! Заказали услуги у Деловых Линий. Нам отправили груз на имя организации. Пришёл директор принял груз и заплатил наличными. Деловые линии оплату провели через фирму и выдали счёт-фактуру и акт на имя организации, вопросы такие...
1)Можно ли проводить такую счёт-фактуру и акт? Смотрел вебинар один, он этот вопрос двояко рассмотрел ссылаясь на письмо минфина.
2)Если да, то как это провести? У нас не было сделок с лицами по наличке.
3)Если нет, то как посоветуете закрыть акт сверки?У контрагента эта проводка есть, а у меня нет. И получается у нас разная сумма сальдо.

И ещё один вопрос, был бы очень благодарен вам!!!!!! Однажды не хватило 1000 рублей для оплаты налогов. Положили через банкомат денюшку на счёт. Следует ли это как-то отражать?

Если поможете, спасибо вам большое!