НДС с межценовой разници

[MaRycя]

Здравствуйте. Подскажите пожалуйста как быть. ООО на ОСНО производит консервную продукцию. Сырье, в частности огурцы свежие, закупается у физ лиц без НДС, перерабатывается в банку. Затем этот продукт реализуется.
Руководитель настаивает на применении п.4 ст.154 НКРФ, то есть исключить из налогооблагаемой базы закупленное сырье без ндс. Доказать ему, то что это не правильно, что для нас эта статья не применима, не представляется возможным. В общем я опустила руки и решила плыть по течению.
И тут назревает вопрос:
-получили предоплату от покупателей еще до начала производства, не зная какая доля сырья купленного без ндс ляжет на себестоимость, выписали счет фактуру на аванс по ставке 18/118, заплатили налог в бюджет, а реализацию готовой продукции будем проводить по межценовой разнице.
Соответственно сумма по договору закроется, а ндс на определенную сумму зависнет. Как быть в такой ситуации, что делать с этим остатком? ПОМОГИТЕ РАЗОБРАТЬСЯ ПОЖАЛУЙСТА!!!