Расходы о которых стало известно после принятия к учету ТМЦ

[светт]

Груз доставлялся от «поставщика» до нашего «ООО» ж/д транспортом по ж/д дороге «1-м перевозчиком» до границы ОАО «Б» затем через свою территорию ОАО «Б» доставляет груз по своей ж/д дороге до склада нашего предприятия.
Мы находимся за территорией ОАО «Б» и их ж/д пути проходят до нашего предприятия. За доставку груза по их ж/д путям они (ОАО «Б») берут плату. Выписывают акты не фактической датой доставки, а позже (позже 5 дней для счетов-фактур) могут и концом месяца, т.е о дополнительных расходах на доставку мы узнаем после принятия МПЗ на учет. Как быть с этими расходами списывать пропорционально?
И как быть с НДС ст. 168 п.3 счета-фактуры выставляются не позднее 5 дней считая со дня оказания услуг. Как определить какого числа произошел день отгрузки услуг.
С момента составления акта? С момента фактической даты оказания услуг? И не получится спора с налоговиками, что счет-фактура выписана с нарушением срока и принять к вычету мы НДС не можем.