Как выставить сч-ф на аванс по НДС если оплата идет по договору

[Светлашка]

Добрый день. Покупатели оплачивают нам за продукцию и не пишут в назначении что это аванс или в счет реализации, просто оплата по договору. Как выставить счета фактуры на аванс. А брала все оплаты по банку и минусовала все реализации и на разницу выставляла счет-фактуру. Верно ли это? Их бухгалтер вычисляет авансы по актам сверки. Может программу можно настроить чтобы она высчитывала суммы?