Расчет НДС

[Анастасия_sun]

Помогите мне с вопросом по вниге покупок и книге продаж! Мы на ОСНО.
Ситуация такая.
Апрель: Поступила педоплата 50% от покупателя - 100000р.(в т.ч. НДС) Программа формирует проводки, делает счет-фактуру на аванс на 100000р.

Июнь: Мы передаем товар (проетную документацию), акт выполненных работ и счет-фактуру на выполненные работы на всю сумму (200000р, в т.ч. НДС). В программе провожу реализацию и формирую счет-фактуру на 200000р. Программа производит зачет аванса на 100000р. и вычет НДС по предоплате.
По окончании квартала начисляется НДС на сумму 200000р. НДС уплачен в бюджет.

Сентябрь: поступил окончательный расчет на сумму 100000р.
На этом, казалось бы, все и должно закончиться. НО! Программа формирует счет-фактуру на аванс! На 100000! При чем делает она это только в книге продаж! Т.е. поручается, что у меня идет переначисление НДС. Как от этого избавиться?! На данный момент мне пришлось вводить операцию вручную: засчета аванса и вычет НДС по предоплате... Хотя какой это аванс?! Это же окончательный расчет.
Сейчас получается, что у меня в книге покупок и продаж висят счета-фактуры на аванс, которых быть не должно...
Помогите, пожалуйста!