Камеральная проверка НДС

[MolodoiBuch]

Здравствуйте, недавно начала работать бухгалтером (ИП общий режим), буквально третий месяц.Лоб в лоб столкнулась со сложной ситуацией. В апреле получили освобождение от НДС (еще прежний бухгалтер) по 145ст. ИП оказывает коммунальные услуги субабонентам.
Выручка за квартал 700 000 рублей.Однако в первом квартале ИП приобрел квартиры (23 квартиры) оформив покупку не на физ лицо, а на ИП. Во втором квартале 14 квартир продал тоже как ИП, информация дошла до бухгалтерии лишь в августе.
Уходя, предыдущий бухгалтер подал декларацию о возмещении из бюджета налога- 5400 рублей.Следствие письмо о камеральной проверке в конце августа. И тут же эта возникшая информация о квартирах.
Запросили книгу покупок и продаж за 2 квартал, счет-фактуры, действующие договора, документы подтверждающие раздельный учет.
На лицо, превышение выручки во втором квартале и вылет из освобождения от НДС.
В налоговой как я поняла о факте продаж квартир не знали.
Продажа квартир НДС не облагается, однако в общую выручку от предпринимательской деятельности,исчисляемую для льготы (не более 2 млн. )входит.
Вообщем вместо того,чтобы просто принести документы подтверждающие возмещение из бюджета и письмо о праве применять 145 ст. Я сделала уточненную декларацию по НДС,сделала книгу покупок и продаж доначислила НДС и предоставила документы о продаже кватир (к 9 разделу).
И сейчас вот сижу и думаю правильно сделала или нет.Может быть в налоговой бы не узнали даже про эти сделки о продаже квартир, а я тут такая честная типа пришла с повинной.Результат всего этого - 57000 доначисленного налога и потеря льготы по 145.

Подскажите, как нужно было поступить, хотя бы наука на будущее. До этой проверки была лишь проверка по кассовой дисциплины, которую успешно прошла,а эта проверка прямо меня сломала.