как поступить в сложившейся ситуации?

[Наталья 1999]

Федеральным государственным учреждением была сформирована цена контракта 3540,0 тыс. руб. с учетом НДС. В процессе проведения аукциона признана победителем одна организация (Общество с ограниченной ответственностью) по последнему предложению на сумму 3504,6 тыс. руб. Победитель- подрядчик является "Упрощенцем", т.е. находится на упрощенной системе налогообложения и не является плательщиком НДС, контракт с ним заключен по цене победителя аукциона на сумму 3504,6 тыс. руб., вне зависимости от системы налогообложения. Подрядчик выставляет счет на выполненные работы без выделения НДС на сумму 3504,6 тыс. руб., что подтверждает актами выполненных работ. Как быть с налогом НДС, который предосмотрен в проектно-сметной документации, как поступить в данном случае с суммой НДС?