Неправильное перечисление налогов по НДС при упрощенке

[Dinywa]

Здравствуйте, я тока начинающий бухгалтер. В организации куда я только что пришла меня озадачили. Они работают на УСН но берут у муципалитета в аренду имущество, платят по нему НДС, но в течении года отчетность по НДС не сдавали и эти суммы им зачисляли не как НДС, а как 6% по упрощенке...то-есть в одном месте переплата а в другом недоимка...как теперь деньги вернуть? кто - нибудь может сталкивался...помогите чем можете