ФГБУ не может распоряжаться этими деньгами (не может и все тут). Однако возникает налог на прибыль
Не зависимо от Аббревиатуры этой организации, если они имеют право заключать договора аренды, то и обязаны платить налог на прибыль , если они являются его плательщиками.