Камеральная проверка по НДС

[stasenjka]

В 2006 году сдавали декларации по НДС к возмещению 4 квартала. Т.к. НДС поквартально, по неопытности я делала авансовые счета-фактуры в конце каждого квартала (теперь я знаю, что это нужно делать каждый день в случае предоплаты)...Сейчас в фирме новый главбух, начала все переделывать естественно и сдавать уточненки, но немного по другой причине. Налоговая решила провести камеральную проверку 2006 года НДС. Запрашивают счета-фактуры, книги и СЧЕТА (а счета у нас выставлялись абы как :(, но я на них особо внимания не обращала...все-таки главное договор, акт и счет-фактура!)
Если при проверке налоговой не понравится как делала я, что грозит фирме, ведь по сути, сумма НДС к возмещению остается та же, только обороты меняются?И зачем им счета?