"Старый" счет-фактура

[dolgow313]

Добрый день!
Такая ситуация:
Бухгалтеру из фин.отдела пришел счет-фактура в феврале 2013 года.
Имеется конверт, свидетельствующий о дате поступления в организацию - ноябрь 2012 года.
Сам счет-фактура датирован июлем 2009 года
Работы были оприходованы в сентябре 2009 года.

Имеет ли смысл подавать уточненку за 4 квартал 2012 года?
Не разберусь с началом течения 3-х летнего срока... Он начинает идти с даты совершения хоз. операции (в нашем случае это сентябрь 2009), либо с даты фактического поступления счета-фактуры (ноябрь 2012)...