Экспортный НДС при длительном производстве

[dolgow313]

Товарищи!
Специфическое производство (облучение изотопов).
Вопрос такой: купили материал N для производства материала A.
1. Материал N приобретался в 2003-2006 годах. Счет-фактура соответственная.
НДС к вычету предъявили в тех же периодах.
2. В 2011 году происходит отгрузка зарубеж продукции A, для производства которой использовался материал N. (специфика производства).
3. Данный факт выявлен только на сегодняшний день (2013 год).

Что делать с НДС?:

п.1 восстановить НДС в 2011 году, показав счет-фактуру налоговой (ибо камералка - и затребуют).
п.2 предъявить НДС к вычету в периоде подтверждения нулевой ставки.

Я правильно рассуждаю?
Не будет ли конфликта по вопросу того, что счет-фактура "древний" и все сроки давным-давно прошли?