Давний спор про УСН и выставление сч-ф с НДС имеет решение.

[Аланда]

По поводу включения или невключения НДС,полученного от покупателей при примененении УСН в доходы, есть судебная практика в пользу налогоплательщиков,то есть НДС выставленный покупателям целиком уплачивается в бюджет,но пр расчете налога не учитывается в доходах.Вот выдержка из
Постановления Президиума ВАС РФ от 01.09.2009 N 17472/08:

В соответствии со статьей 168 Кодекса при реализации товаров (работ, услуг) налогоплательщик дополнительно к цене (тарифу) реализуемых товаров (работ, услуг) обязан предъявить к оплате покупателю этих товаров (работ, услуг) сумму налога на добавленную стоимость.
Согласно пункту 3 статьи 346.11 Кодекса индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются плательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с Кодексом при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации, а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со статьей 174.1 Кодекса.
В силу положений подпункта 1 пункта 5 статьи 173 Кодекса сумма налога на добавленную стоимость, подлежащая уплате в бюджет, исчисляется лицами, не являющимися плательщиками этого налога, в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога. При этом уплате в бюджет подлежит сумма налога, указанная в соответствующем счете-фактуре, переданном покупателю товаров (работ, услуг).
Пунктом 2 статьи 346.15 Кодекса (в редакции Федерального закона от 24.12.2002 N 176-ФЗ) установлено, что индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, при определении объекта налогообложения учитывают доходы, полученные от предпринимательской деятельности.
Исходя из статьи 41 Кодекса, доходом признается экономическая выгода в денежной или натуральной форме, учитываемая в случае возможности ее оценки и в той мере, в которой такую выгоду можно оценить, и определяемая в соответствии с главами "Налог на доходы физических лиц", "Налог на прибыль организаций" Кодекса.
Из смысла указанных положений Кодекса следует, что суммы, неосновательно исчисленные и полученные в качестве налога на добавленную стоимость плательщиком налога по упрощенной системе налогообложения, не являются его доходом для целей исчисления уплачиваемого им налога.

Правда,здесь разбиралась ситуация с ИП,но аргументы для ООО должны быть такими же.ИМХО