Что обязательно должен проверить аудитор?

[RetailChain]

Аудитор должен подтвердить достоверность Вашей публичной финансовой отчетности и соответствие ее РСБУ (или иному стандарту) в общем случае. Чтобы сторонние потребители отчетности могу в Вас инвестировать на основании объективных и стандартизированных данных.
Но поскольку в России бухгалтерский учет никого не интересует, то эта задача выглядит малополезной.

Или помочь выйти на IPO. Но сейчас это неактуально...

Все остальное зависит от целеполагания.
Если Вы ставите задачу выявить налоговые риски, то здесь четко нужно оговарить участие аудиторов в ВНП и судах при необходимости отстаивания их рекомендаций. Оговаривайте возмещение ущерба, но вряд ли оно превысит размер вознаграждения.
Есть институт налоговых консультантов и юристов, практика споров с налоргами у которых куда шире, чем у аудиторов.

Аудиторы люди экспредметные и в бизнесе аудируемой организации ни черта не смыслят (как правило). А дьявол он же в деталях. Поэтому пользы от аудита производственной деятельности для вас не будет. Т.е. главного, как формируется себестоимость продукции и финансовый результат они не понимают. Рекомендации их бывают крайне нелепы и совершенно невыполнимы.
Они говорят, "как должно быть". А это все известно и без них. А вот на вопрос, "а как это сделать с учетом особенностей бизнес-процессов предприятия?", они никогда не отвечают.

За свою практику я привлекал аудиторов только для проведения инвентаризаций на больших складах, дабы их подписями подтвердить правильность ее проведения, чтобы проще было возбуждать уголовные (проводить ОРМ) и гражданские дела против материальщиков. Могу сказать, что навыками устного счета аудиторы не владеют...

Так что прежде чем призвать аудитора, спросите себя, ЗАЧЕМ!?