Налоговая не сделала проводку в карточке. Есть срок исковой давности?

[sereginas]

Всем здравствуйте!

Как вы думаете, правомерно ли действие налоговой инспекции?:

При реорганизации предприятия из ЗАО в ООО мы с налоговой подписали передаточный акт сверки по всем налогам, для переноса сальдо.

Сальдо по НДС было положительным - переплата на дату передачи 09.03.10.

Сейчас (в сентябре) запросила акт сверки по НДС - сальдо на 09.03.10 стало отрицательным.
Начала разбираться с налоговой: оказывается в 1 кв. 2005 года они нам вернули экспортный НДС за 4 квартал 2004 года, а проводку у себя (о возмещении) не сделали. И только в августе 2010 года решили исправить по внутренней служебной записке сие недоразумение, не сообщив нам.

Веду организацию только с конца 2006 года и всегда опиралась на акты сверки с налоговой инспекции до этого момента. Теперь не знаю что делать? Имеют они право требовать уплату налога (размер значительный и пени еще) если это их ошибка и прошло уже 5 лет? Если буду с ними спорить не нагрянет ли нам общая проверка?