Давальческое сырье!!!!

[Gazizov]

Сообщение от $G$

получается я оформляю накладной на отпуск материалов на сторону

Да, оформляйте накладную.

Сообщение от $G$

а может услуги за изгоотовление включить в стоимость окон

Конечно, эти расходы и будут формировать с/с окон.

Сообщение от $G$

если часть готовых окон например 20 шт., я оприходую на 43 счет,и потом сделаю перемещение на 41 счет, мне нужно 20 шт. окон продать

Вы можете и не делать это перемещени. Сразу 43 на 90 - списываете стоимость готовой продукции при реализации или через 41 провести.

Сообщение от $G$

а остальные окна спишу в производство, т.е. посажу на затраты выполненные работы

Вы как формируете заказ без разделения на стоимость изготовления окон и услуги по монтажу, или разделяете, отдельно изготовление и монтаж?
В первом случае:
20/43 окна переданы в монтаж
20/10,60,70,69 - затраты по монтажу
90/20 - списана стоимость заказа по изготовлению и монтажу окон
Во втором случае (стоимость услуг по монжату формируется отдельно, можно даже выделить отдельный субсчет к 20-ке):
20/ различные счета
90/20 - списана с/с услуг по монтажу окно
90/43 - списана стоимость окон.
Варианты отражения операций различны, например исходя из того как вы формируете с/с (позаказно, отдельно стоимость изгоовления и монтажа окон, котловым методом и т.д.).
Кстати, если отдельно выделяете монтаж именно для физических лиц, то по такому виду деятельности, может быть применен ЕНВД, как оказание бытовых услуг.