Должна Вас расстроить: Книгу учета доходов и расходов Вы вести обязаны, НО исключительно в части ДОХОДОВ, а вот расходы туда не заносятся, и ни перед кем за них отчет держать не надо! Еще Вы должны вести учет ОС и НМА, но, поскольку, как я поняла, оборудование в эксплуатацию не введено, а мирно отдыхает на складе, то претензии со стороны контролирующих органов необоснованны.
А вообще, т.к. вы упрощенцы, вы до 2013 года вообще бухгалтерский учет на фирме вести не обязаны, так что никого интересовать не должно, какое оборудование вы там на склад засунули и куда ваш директор деньги с чековой тратит!!! Все эти вопросы относятся к компетенции бухгалтерского учета, но НИКАК НЕ НАЛОГОВОГО!!!
P.S. Лично я в подобных ситуациях (если налоговики нос свой суют куда не просят) всегда им отвечаю: "Излагайте претензии письменно, оформляйте протокол по соответствующей форме, я с удовольствием разберу его с вами в суде". Еще ни один не рискнул...