Возмещение НДС с аванса.

[Спроситель]

Кирилл, не обращайтесь ко мне "господин". А то я к вам буду тогда обращаться "мсье" )

Я в такой ситуации оценил бы стоимость риска - посмотрите какова величина спорной суммы зачитываемого НДС, прикиньте, сколько насчитают недоимки и пени в случае если все таки умудрятся выкинуть НДС из зачета и пойдите с этими рисками к директору - пусть решение принимает.
Кроме того, у вас очень приятная ситуация - вы по своему договору подряда укладываетесь в налоговый период - сдаете работы в текущем году. Так что если НДС зачтенный по авансам выкинут, вам надо будет просто зачесть этот аванс по условиям договора, сдать уточненки и собственно сумма риска будет выражена только в пени.