как отразить начисление налога УСН 6% в программе 1С.

[Entry]

Anna1990, правильно начислять в БУ сумму, которая получилась в декларации после ее уменьшения на взносы т.к это и есть финальная сумма налога.
Если было лишнее начисление, то его надо сторнировать.
Сальдо по счету 68 налог УСН должно отражать реальную картину расчетов с бюджетом по этому налогу. И совпадать с данными в лицевом счете по данным ИФНС.
В ОФР аналогично - финальная сумма налога из декларации УСН.