Выставила счет фактуру с НДС, что с ним теперь делать?

[Nastya-che]

Подскажите, пожалуйста! ООО, упращенка 6%
Составлен договор, смета и счет-фактура с НДС в том числе, что мне теперь с ним делать?
И еще вопросик:
Если фирма оставляет у себя только 5% от суммы (договор субподряда) единый налог считается только с этой суммы или со всех денежных средств, которые оказалиь на расчетном счете? Как быть в такой ситуации?