Незарегистрированный договор - мошенничество?

[O.V]

Ситуация такая. Был проведен ремонт здания (ФАП), оно относится не к нам, но по уставу мы должны поддерживать на своей территории работоспособность учреждений здравоохранения. Начать ремонт на "заставили" сверху. На середине ремонта разразился скандал, проверка КСК, что мы ремонт делает. После переписки, мы отказались делать этот чертов ремонт. Но ремонт делать было надо, "Заставили" делать здравоохранение. Они сделали - почти полностью нашими материалами, но соими силами. В итоге, люди, которых нанимали делать ремонт мы, оказались без оплаты, так как мы уже не могли оплачивать их услуги, а потом в режиме дикой экономии и просто не стало денег. В итоге сейчас нас вновь проверяет СУ. и Инкриминирует нам мошенничество потому как:
1). Мы вобще заключили с ними договор.
2). Не зарегистрировали своевременно договор и акт в бухгалтерии.
Вопрос: В какие сроки и как именно мы должны были зарегистрировать договор? Какие выходы есть? У нас есть аудиозаписи о том, что нас принуждали делать ремонт.