доходы от аренды помещений,находящихся в оперативном управлении

[Квайгон]

Бюджетный кодекс РФ
Статья 42. Доходы от использования имущества, находящегося в государственной или муниципальной собственности
(в ред. Федерального закона от 26.04.2007 N 63-ФЗ)
К доходам бюджетов от использования имущества, находящегося в государственной или муниципальной собственности, относятся:
доходы, получаемые в виде арендной либо иной платы за передачу в возмездное пользование государственного и муниципального имущества, за исключением имущества автономных учреждений, а также имущества государственных и муниципальных унитарных предприятий, в том числе казенных;

Абзац 4 п. 3 ст. 5 федерального закона "О науке и государственной научно-технической политике" от 23.08.1996 № 127-ФЗ:
Доходы от сдачи в аренду имущества, находящегося в федеральной собственности, в полном объеме учитываются в доходах федерального бюджета и используются указанными организациями в качестве источника дополнительного бюджетного финансирования содержания и развития их материально-технической базы.

Посему ответы на Ваши вопросы:

возможно ли расходовать средства, полученные от аренды недвижимости, находящейся в оперативом управлении на ремонт

Нет, если вы не ГУП и не научное учреждение.
Если вы ФГУП, то арендатор платит напрямую ФГУП.
Если вы научное учреждение, то арендная плата платится арендатором на единый счет бюджета 40101, администратором указывается Росимущество, а на сумму поступивщих средств казначейство доводит дополнительное финансирование.