Отстутствие договоров на выполнение работ по ремонту оборудования

[Log_in]

на мой взгляд действующая система вполне работоспособна.
Счет в вашем случае и является формой договора.
Внутренний акт расхода материалов вполне себе является документом.
Обозначение его (акта расхода) в УП, послужит вам дополнительной защитой от рисков всякого рода претензий. (насколько я знаю в современных условиях его можно закрепить и в графике документооборота).