аренда квартиры для сотрудника

[aradzion]

Если сотрудник переехал из другого города, то вопрос решается очень просто: ст.217 п.3 НК РФ содержит перечень необлагаемых НДФЛ выплат - в Вашем случае, это "исполнение налогоплательщиком трудовых обязанностей".
Если сотрудник местный - обосновать факт съема ему квартиры будет сложнее.

По вопросу НДС, тут для начала надо вернуться к Вашему решению не включать суммы в состав расходов.
Если Вы примите такое решение, то НДС к зачету не принимайте.
Однако, решение это не верное.
На самом деле, суммы компенсационных выплат уменьшают базу по налогу на прибыль, а следовательно имеет смысл принять к зачету и НДС.

И еще один момент: налоговики утверждают, что коммерческие организации должны использовать нормы компенсационных выплат (в настоящее время они установлены только для гос.учреждений), в соответствии с НК (там действительно сказано, что в состав расходов можно включать в пределах установленных норм).
Однако для коммерческих предприятиях такие нормы не установлены, так что можно включать суммы целиком, но есть вероятность, что придется доказывать это в суде.

Если Вы примите решение включать расходы по нормам, то НДС по превышающей сумме нельзя будет зачесть. Кроме того, на указанное превышение нужно будет начислить НДФЛ.