Оплата в рублях, а первичные документы в евро

[Entry]

У вас импорт из ЕАЭС. Заполняете Заявление, считаете НДС.
Платите НДС, сдаете декларацию по косвенным налогам. Да, все до 20-го числа.

Если посмотрите Заявление о ввозе товаров, то в правилах его заполнения написано, какой курс применять.
В графе 8 "Валюта, курс" раздела 1 Заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов указывается курс ЦБ РФ на дату принятия на учет товаров.
В БУ и НУ совсем другая сумма будет. Там будет все по курсу 1го аванса и 2го аванса. И если осталось что-то неоплаченное, то эта часть по курсу на дату принятия к учету. Т.е база НДС и стоимость в БУ и НУ у вас будут разные.
Что сдаете указано в п. 20 Протокола ЕАЭС. Вместо заявления на бумаге можно перечень заявлений в эл виде.