Ну если все равно пользуетесь двумя программами, то можно внести сальдо по сотрудникам на 01.10 документом Накопленная задолженность на октябрь (это будет невыплаченная з/п за сентябрь). Чтобы начальное сальдо ЗиК пошло с 70 счетом в Бух.
Если начинать ведение не сначала года без переноса данных, то придется вносить данные по НДФЛ, чтобы верно применялись льготы (в Справку с предыдущего места работы). Если намечаются регрессивные ставки ЕСН, с базой по ЕСН надо что-то делать...
В общем, наверно, проще с января перенести, если численность работников небольшая

У нас сейчас похожая проблема: параллельно ведем в ЗиК 7.7 и ЗУП 8.1.