У нас была такая же ситуация, даже мысли не возникло, что что-то не так...

В справочнике "сотрудники" заведен человечек, приняли на работу (приказ о приеме) - стал "штатным сотрудником". Уволили приказом, а потом использовали в договорах ГПХ этого же (старого с тем же табельным) сотрудника... И не было никаких проблем.
Было и наоборот: сначала ГПХ (в справочнике "сотрудники" они были физ. лицами, т.к. приказов о приеме не было), потом их же приняли в штат. Регрессивная шкала применяется, а для расчета среднего - начисления по договорам подряда не входят в базу и не включаются.
Сейчас ЗУП, здесь отдельные справочники "физ. лица" и "сотрудники", при каждом переприеме на одно физ. лицо создается новый сотрудник с новым табельным... Но отсюда еще ничего не сдавалось (в плане отчетов), так что посмотрим...