Счет-фактура (выданный) на реализацию не делает никаких проводок и движений по регистрам НДС, соответственно не производит начисление НДС.
Ну вообще-то у нас проводки по начислению НДС формируется именно счет-фактурой. Накладной формируются проводки выручки,списания себестоимости и дебеторки. А Дт 90.3 Кт 68.2 формирует именно счет-фактура