Премия (% от оклада). За основу я беру оклад по штатному расп. или по факту

[Полянская]

На фактически начисленную сумму оплаты по окладу.

В этом смысл процентно установленной премии, что размер ее зависит от начисления, поэтому она будет, например, подлежать индексации при повышении окладов.

Хотя, конечно, в положении о премировании может быть прописано, например, что "премия начисляется фиксированной суммой в размере ...% оклада сотрудника", но это уже другая история.